Der Aufbau der Neuapostolischen Kirche in Waltrop erfolgte durch Mitglieder der Gemeinde Lünen-Brambauer zu Beginn des 1. Weltkriegs. Dort hatte sich bereits 1909 eine erste Gemeinde entwickelt. 1916 nahm Stammapostel Hermann Niehaus mit der Familie Bach die ersten Waltroper Gemeindemitglieder auf. Bereits ein Jahr später kamen sechs weitere Mitglieder dazu. Bis 1923 besuchten die ersten neuapostolischen Christen aus Waltrop die Gottesdienste in Lünen-Brambauer.
Im Herbst 1923 stellte Familie Bach ihr Wohnzimmer für die Gottesdienste zur Verfügung. Bis 1925 wurde der Versammlungsort einige Male gewechselt. Bischof Hermann Schüring weihte im Dezember 1925 die erste Kirche für die Gemeinde Waltrop in der Zillestraße 16. Bis zur Beauftragung des ersten Vorstehers für die Gemeinde Waltrop erfolgte die Betreuung durch Amtsträger aus Lünen-Brambauer.
In einem Anbau, der in Eigeninitiative errichtet wurde, fanden die 258 Gemeindemitglieder eine passende Unterkunft an der Zillestraße.Während der Umbauphase fanden die Gottesdienste in der Aula der Hirschkamp-Schule statt. Das Kirchengebäude wurde im April 1952 seiner Bestimmung übergeben.
Anfang der 70er Jahre war der Kirchenraum zu klein geworden. Die Gemeinde wurde 1972 aufgeteilt.
Den ersten Gottesdienst für die junge Gemeinde Waltrop-Nord hielt Bezirksältester Horst Dietrich am 16. April 1972 in der Paul-Dohrmann-Schule. Später versammelte sich die Gemeinde in einem Raum in der Realschule an der Ziegeleistraße. Im Norden der Stadt wurde ein passendes Kirchengrundstück gefunden. Im Herbst 1978 begann der Bau der Kirche an der Liegnitzer Straße. Am 3. April 1979 weihte Bezirksapostel Schiwy das Kirchengebäude ein.
Die Stammgemeinde - nun Waltrop-Süd - blieb in der Kirche an der Zillestraße. Die Kirche der Gemeinde Waltrop-Süd war inzwischen baufällig geworden. Da sich eine Renovierung nicht mehr lohnte, wurde das Gebäude abgerissen. Nach nur 9-monatiger Bauzeit entstand an gleicher Stelle eine neue, geräumige Kirche, die am 31. März 1977 durch Bezirksapostel Schiwy eingeweiht wurde.
Ihr 75-jähriges Jubiläum feierten die neuapostolischen Gemeinden in Waltrop am 13. und 14. Mai 2000. Bezirksvorsteher Heinz-Dieter Burchardt eröffnete im Beisein der stellv. Bürgermeisterin Helga Mielke und den lokalen Pressevertretern die Feierlichkeiten. Den Jubiläumsgottesdienst hielt Apostel Hermann Magney.
Am 16. November 2014 erfolgte die Fusion der beiden Waltroper Gemeinden Nord und Süd zur Gemeinde Waltrop.
Die Leitung der Gemeinde nimmt Priester Detlef Groß wahr. Ihn unterstützen drei weitere Priester und sechs Diakone.
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